Muzeum Archidiecezjalne
ul. Kanonicza 19
Ta kolekcja mieści się w dawnym domu Jana Pawła II. Duchowni mieszkali na tej ulicy od niepamiętnych czasów – stąd jej nazwa (kanoniczna)

Muzeum Archeologiczne
ul. Poselska 3
W tym romantycznym starym budynku, który służył jako pałac, klasztor, więzienie, a obecnie jako muzeum, znaleźć pokaźną kolekcję mumii. Jest tu dużo unikatowych okazów, choćby posąg pogańskiego boga Światowida, który został znaleziony w cudowny sposób na dnie rzeki Zbrucz.

Galeria Sukiennice
Rynek Glowny 1 / 3
Historyczna kolekcja polskiego malarstwa z przełomu XVIII i XIX wieku.

Muzeum Czartoryskich
ul. Jana 19
Znane najbardziej z dzieł Leonardo da Vinci, choć poza nimi jest ich znacznie więcej. Jedno z najbardziej malowniczych miejsc w mieście.

Muzeum Historii
Rynek Główny 35
Znajduje się tam bardzo ciekawy eksponat jak choćby ogromna makieta miasta z czasów średniowiecza.

Muzeum Jana Matejki
ul. Florianska 41
Wspaniałe muzeum, które warto odwiedzić będąc w Krakowie. Matejko w tej wyjątkowej starej kamienicy, która zawiera wiele oryginalnych mebli, jak również piękną kolekcję jego sztuki. Warto zwrócić uwagę zwłaszcza na wystawy jednorazowe.

Muzeum Farmacji
ul. Floriańska 25
Założona w 1946 roku jako część Uniwersytetu Jagiellońskiego. Muzeum Farmacji jest jednym z nielicznych muzeów tego typu na świecie. Eksponaty zgromadzone tutaj pokazują historię farmacji od średniowiecza po czasy współczesne. Zostało tu zrekonstruowane wnętrze XVIII-wiecznej apteki, a także inne wnętrza – jak stare laboratorium, czy pomieszczenia do suszenia i przechowywania ziół. W muzeum znajduje się także biblioteka zawierająca stare zielniki, antidotaria, i inne stare druki związane z historią sztuki przygotowywania leków.

Muzeum Wyspiańskiego
ul. Szczepańska 11
Fascynująca kolekcja prac Stanisława Wyspiańskiego. Wyspiański był człowiekiem renesansu – czegokolwiek się nie dotknął – poezji, pisania, malarstwa, witraży, kostiumów, projektowania mebli – zawsze ujawniał swój geniusz.

Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego
ul. Jagiellońska 15
Założona w 1364 roku, UJ jest drugim po Pradze najstarszym uniwersytetem w Europie Środkowej.